Die Erforschung des Nationalsozialismus, seiner Ursachen und Folgen war für die FZH schon immer von großer Bedeutung. Seit der Gründung der „Forschungsstelle für die Geschichte des Nationalsozialismus in Hamburg“ 1960 hat sich die Forschung zum Nationalsozialismus wesentlich erweitert, sie ist aber nicht abgeschlossen. Neben die Untersuchung der eigentlichen Geschehnisse der zwölfjährigen NS-Herrschaft ist die „zweite Geschichte“ getreten, das sind Forschungen zu den politischen und gesellschaftlichen Folgen der NS-Diktatur in Deutschland und Europa. Zunehmend spielen auch Fragen nach der historischen Entwicklung der Erinnerungskultur selbst sowie einer Wissensgeschichte des Nationalsozialismus eine Rolle.