Der Jahresbericht „Zeitgeschichte in Hamburg“ wird seit 2003 als gedruckte Broschüre veröffentlicht und seit 2011 zusätzlich Online angeboten. Er enthält neben dem formalen Tätigkeitsbericht einen umfangreichen redaktionellen Teil mit Beiträgen von Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der FZH und externen Historikerinnen und Historikern.