Die FZH wird geleitet von einem Vorstand (kommissarische Direktorin: Prof. Dr. Kirsten Heinsohn; Stellvertretender kommissarischer Direktor: PD Dr. Knud Andresen). Als Aufsichtsorgan fungiert ein Kuratorium, dessen Vorsitz der Präses der Behörde für Wissenschaft, Forschung, Gleichstellung oder ein von ihm benannter Vertreter / eine Vertreterin innehat. Ein international besetzter Wissenschaftlicher Beirat berät die FZH in allen Fragen der Forschung.
Vorsitzende: Dr. Eva Gümbel, Behörde für Wissenschaft, Forschung und Gleichstellung
Stellvertretende Vorsitzende: Tanja Chawla, Deutscher Gewerkschaftsbund Hamburg
Dr. Rita Bake
Dr. Sabine Bamberger-Stemmann, Landeszentrale für politische Bildung
Prof. Dr. Malte Thießen, LWL-Institut Münster, Wissenschaftlicher Beirat der FZH
Ina Dinslage
Prof. Dr. Natalia Filatkina, Vizepräsidentin der Universität Hamburg
Dr. iur. Manfred Jäger
Yohanna Rahel Hirschfeld, Jüdische Gemeinde Hamburg
Prof. Dr. habil. Sven Tode
Vorsitzender: Prof. Dr. Malte Thießen, LWL-Institut Münster
Stellvertr. Vorsitzende: Prof. Dr. Birthe Kundrus, Universität Hamburg
Prof. Dr. Dorothee Brantz, Center for Metropolitan Studies, TU Berlin
Prof. Dr. Christoph Cornelißen, Goethe-Universität Frankfurt am Main
Prof. Dr. Sebastian Haumann, Paris Lodron Universität Salzburg
Prof. Dr. Christina von Hodenberg, German Historical Institute London
Prof. Dr. Thorsten Logge, Universität Hamburg
Prof. Dr. Annelie Ramsbrock, Universität Greifswald
Prof. Dr. Detlef Siegfried, Universität Kopenhagen
Prof. Dr. Tatjana Tönsmeyer, Bergische Universität Wuppertal