Die Veröffentlichungen der FZH erfolgen – abgesehen von gelegentlichen Einzelveröffentlichungen – in drei Buchreihen. Sämtliche von der FZH herausgegebene Buchpublikationen durchlaufen im Haus ein wissenschaftliches Lektorat, das maßgeblich zur Qualitätssicherung beiträgt.
(HBSZ; seit 1963; seit 2005 beim Wallstein-Verlag, Göttingen)
Die HBSZ nehmen Monografien (vor allem aus Projekten der FZH hervorgegangene Habilitationsschriften und exzellente Dissertationen vorzugsweise der Hamburger Universität) sowie Sammelbände zur Dokumentation wichtiger Tagungen der FZH auf. Das thematische Spektrum erstreckt sich über die gesamte Zeitgeschichte.
(FZ; seit 1993; Metropol Verlag, Berlin)
Die FZ nimmt thematisch auf Hamburg bezogene Arbeiten auf, die in der Regel aus Projekten der FZH und Dissertationen am Historischen Seminar der Universität Hamburg hervorgegangen sind.
HZS; 2003 bis 2021; Verlag Dölling und Galitz, München/Hamburg)
In den HSZ sind vor allem exzellente Qualifikationsarbeiten (MA) zur hamburgischen Zeitgeschichte erschienen.
Der Jahresbericht „Zeitgeschichte in Hamburg“ wird seit 2003 als gedruckte Broschüre veröffentlicht und seit 2011 zusätzlich Online angeboten. Er enthält neben dem formalen Tätigkeitsbericht einen umfangreichen redaktionellen Teil mit Beiträgen von Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der FZH und externen Historikerinnen und Historikern.
1960 wurde die „Forschungsstelle für die Geschichte des Nationalsozialismus in Hamburg“ gegründet, 1997 wurde diese in eine von der Freien und Hansestadt Hamburg getragenen Stiftung umgewandelt und in „Forschungsstelle für Zeitgeschichte in Hamburg“ umbenannt.